No se conoce exactamente su causa, pero la mayoría de los expertos coinciden que durante la menstruación una parte del sangrado, en vez de expulsarse con el sangrado por la vagina, viaja en forma retrograda hacia la cavidad abdominal atravesando las trompas de Falopio. Las células endometriales podrían implantarse en el abdomen, y allí crecer y responder a los cambios hormonales del ciclo menstrual. Existiría también una predisposición genética a la endometriosis y no es una enfermedad que predisponga al cáncer.
Los síntomas habituales son:
* Dolores pelvianos crónicos
* Dolores cólicos durante la menstruación
* Dolores durante las relaciones sexuales
* Dificultades para quedar embarazada
* Dolor al orinar solamente durante la menstruación

Los síntomas se agudizan en el período menstrual y desaparecen cuando la menstruación cesa, es decir en el embarazo o en la menopausia, períodos en los cuales los focos de endometriosis se pueden curar espontáneamente.
La ubicación más frecuente es en los ovarios, pero también puede encontrarse en las trompas de Falopio, en los ligamentos de sostén uterino, en la vagina y en las paredes internas abdominales. En raras ocasiones también puede aparecer en la vejiga, en el recto o en la vulva.